El Archivo se ha ido formando de manera natural, por acumulación de los documentos producidos o recibidos por el Ayuntamiento a lo largo del tiempo. El Ayuntamiento de El Escorial o el Concejo de la Villa de El Escorial siempre ha mostrado gran preocupación por la conservación de sus documentos. Pero fue la labor y celo de los primeros ediles del periodo democrático lo que impulsó la creación del Archivo Municipal tal y como lo conocemos hoy día.
En el año 1977 los documentos históricos se trasladaron al Archivo Histórico Nacional para ser limpiados, tras ello fueron trabajados por los archiveros y archiveras de la Diputación de Madrid. Estos documentos no volverían a El Escorial hasta el año 1987. Durante esos años el Ayuntamiento y la recién creada Comunidad de Madrid, trabajaron conjuntamente para habilitar un espacio que cumpliera con las condiciones constructivas y medioambientales de un local de archivo, ese local se inauguró en 1986. Posteriormente, se microfilmaron todos los documentos históricos y se aprobó en los presupuestos municipales la creación de una plaza de archivero.
En febrero de 1991 se cubrió la plaza y poco después se dotó al archivo de más personal. Desde ese año el servicio de archivo ha estado funcionando en el Ayuntamiento de El Escorial con continuidad, el trabajo se ha centrado en ordenar, limpiar, clasificar y describir tanto los documentos históricos como los contemporáneos, para ponerlos a disposición de todo aquel que los solicitara: ciudadano, funcionario, político o investigador.
Hoy los documentos producidos o recibidos por la institución son electrónicos, si un ciudadano presenta en el ayuntamiento un documento en papel, el mismo se escaneará y se convertirá en un documento digital. Si el ayuntamiento se comunica con sus vecinos mediante documentos en papel, debemos saber que el documento original, el que vamos a conservar nació digital. Estos documentos requieren para su conservación y puesta a disposición, un tratamiento diferente al tratamiento de los documentos en papel. Actualmente, el Archivo se enfrenta a un nuevo reto: la creación del Archivo Electrónico que servirá para conservar y servir los documentos nacidos digitales
Desde el año 1991 hasta el año 2018, en distintas fases y gracias a las subvenciones anuales de la Comunidad de Madrid, el fondo histórico microfilmado se ha pasado a formato digital. Esto ha favorecido que hoy podamos ofrecer a través de este portal la búsqueda y puesta a disposición del fondo histórico del archivo municipal.