Ya se ha mencionado que el Archivo Municipal de El Escorial tiene un gran número de documentos históricos, cuya producción y conservación ha sido continua en el tiempo desde el siglo XVI hasta el siglo XXI. Esto lo ha convertido en uno de los archivos más importantes para conocer la historia de un municipio de realengo. También, a través de sus documentos conoceremos como evolucionó la administración municipal y la historia de la Villa de El Escorial, por su vínculo con el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial, el cual fue construido en su término municipal, podemos conocer cómo fue su fábrica, los maestros y laborantes que vinieron a trabajar en él, cuándo venían y cómo se comportaban la Corte y el Rey, la formación del Real Bosque o del Real Sitio y, finalmente, la división de nuestro término municipal y la creación del Ayuntamiento de San Lorenzo de El Escorial. Conoceremos la llegada del ferrocarril y la importancia para los escurialenses de la fábrica de chocolate de Matías López y de su barrio obrero. O, más recientemente, la evolución urbanística del municipio y la construcción de urbanizaciones periféricas que sirvieron de residencia secundaria para la población de Madrid y, que actualmente se están convirtiendo en residencia primaria.
El Archivo está formado por la agrupación de varios fondos y colecciones: Fondo del Ayuntamiento, Fondo de Protocolos Notariales, Fondo de la Hermandad Sindical de Labradores y Ganaderos, Fondo del Juzgado Municipal, Colección de Materiales Audiovisuales, Colección Hermandad de Nuestra Señora Virgen de la Herrería, Colección Hermandad de San Cristóbal, Colección Hermandad del Santísimo Sacramento, Colección Hermandad de San Sebastián, Colección Hermandad de San Bernabé, Colección Comisión de Mozos, Casados y Viudos, y Colección Fundación Federico Fliedner.